Pada musim 1945–46, klub itu terdegradasi dari Liga Pertama. Klub kemudian muncul di antara tingkat kedua, ketiga dan keempat sepak bola di Cekoslowakia dan kemudian Republik Ceko.
Setelah 2 Ceko 2002–03 Liga , Prostějov secara paksa terdegradasi, karena stadion mereka tidak memenuhi kriteria Asosiasi Sepak Bola .
Pada musim 2015–16, SK Prostějov memenangkan Liga Sepak Bola Moravia-Silesia dan dipromosikan ke Liga Sepak Bola Nasional Ceko tingkat kedua.
(Tribunjambi.com/Eko Prasetyo)