Prabowo memiliki dua orang kakak perempuan, Biantiningsih Miderawati dan Maryani Ekowati; dan seorang adik lelaki, Hashim Djojohadikusumo.
Dari keluarga ayahnya, Prabowo merupakan cucu dari Margono Djojohadikusumo, pendiri Bank Negara Indonesia dan Ketua Dewan Pertimbangan Agung yang pertama.
Nama pertamanya diambil dari pamannya, Kapten Soebianto Djojohadikusumo, seorang perwira Tentara Keamanan Rakyat yang gugur pada Pertempuran Lengkong pada Januari 1946 di Tangerang.
Keluarga Djojohadikusumo sendiri dikatakan merupakan keturunan dari Raden Tumenggun Kertanegara, seorang panglima laskar Pangeran Diponegoro di wilayah Kedu; dan Adipati Mrapat, bupati Banyumas yang pertama. Dengan itu, garis keturunan keluarga itu dapat ditarik lagi pada penguasa-penguasa awal Kesultanan Mataram.
Jarang di Indonesia
Masa kecil Prabowo banyak dihabiskan di luar negeri, terutama setelah keterlibatan ayahnya menentang pemerintah Presiden Soekarno di dalam Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia di Sumatra Barat.
Prabowo menyelesaikan pendidikan menengahnya di Victoria Institution di Kuala Lumpur, Malaysia; Zurich International School di Zurich, Swiss; dan The American School di London, Inggris.
Baru setelah kejatuhan Soekarno dan naiknya Soeharto, keluarga Soemitro kembali ke Indonesia, dan Prabowo masuk ke Akademi Militer di Magelang, Jawa Tengah.
Selalu ada Prabowo
Ada cerita menarik tentang Prabowo Subianto yang terungkap saat Prabowo Subianto menghadiri acara silaturahmi dengan purnawirawan TNI-Polri dan relawan, di Gelanggang Olahraga Otista, Jakarta Timur, Sabtu (16/3/2019).
Dalam kesempatan tersebut, Prabowo Subianto berpidato di depan para mantan komandan hingga juniornya, kala aktif berdinas di TNI.
Dalam pidatonya, Prabowo Subianto justru lebih banyak berkelakar di hadapan koleganya.
Satu di antara banyaknya kenangan Prabowo Subianto saat mengenyam pendidikan di Akademi Militer (dahulu Akabri), adalah ia mengaku sebagai taruna yang lekat dengan hukuman.
"Dulu ada cerita di Akabri, 100 taruna dihukum pasti salah satunya ada Prabowo. 30 taruna dihukum, pasti ada Prabowo. 10 taruna, pasti ada Prabowo. Lalu kalau di lapangan kalian lihat satu orang merayap, ya itulah taruna Prabowo,” ungkapnya.
Kendati demikian, Prabowo Subianto tetap bangga, karena berkat gemblengan tersebut, ia bisa menjadi capres Indonesia.