Sejak itulah, Agus melanjutkan karier militernya di dunia intelijen.
Mengutip dari Kompas.com, Agus dan Benny lalu bergabung dengan Operasi khusus (Opsus) yang dipimpin oleh Ali Moertopo.
Keduanya bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soeharto.
Di dalam Opsus, Agus menjadi orang kepercayaan Ali dan Benny.
Bahkan, siapa pun yang ingin bertemu dengan Ali dan Benny harus melalui Agus, sehingga muncul ungkapan "Agus itu Opsus. Opsus itu Agus".
Di dalam Opsus Agus bertugas menjadi semacam Komandan Detasemen Markas atau Dandenma) yang mengatur segala hal terkait operasi-operasi opsus.
Dia juga terlibat dalam berbagai operasi Opsus di Irian Barat dan Timor Timur.
Terima Bintang Sakti
Agus juga sempat mendapat penghargaan Bintang Sakti dari pemerintah setelah ada kesaksian akan keberaniannya saat berhadapan dengan tentara Belanda saat ditawan.
Tak banyak prajurit meraih penghargaan tertinggi di militer ini. Hanya mereka yang menunjukkan sikap luar biasa dalam tugas negara yang pantas menyandangnya. Agus satu diantaranya.
Malahan, Presiden Soeharto disebut-sebut selalu mengingat Agus.
Setiap mereka bertemu, Soeharto pasti selalu menanyakan kondisi kaki Agus.
Benny banting baret demi Agus
Benny Moerdani masih tidak terima dan marah, terkait dirinya yang pernah didepak sebagai anggota RPKAD setelah membela Agus Hernoto.
Kemarahan itu diluapkannya saat menghadiri undangan Kopassus pada 1985.