Karier profesionalnya ditutup bersama Persik pada 2016 dan pensiun tahun 2017.
Di periode akhirnya, Mahyadi hanya main 6 kali dan mencetak 1 gol.
Bersama Timnas Indonesia, dia tercatat melakoni sejumlah laga penting skuad Merah Putih.
Dia mengikuti SEA Games Vietnam (U-23) pada 2003, kemudiab tergabung dalam skuad Garuda yang mengikuti turnamen Piala Tiger (sekarang AFF).
Mahyadi juga menjadi bagian Timnas Indonesia vs Turmekistan saat kualifikasi piala dunia tahun 2004 lalu.
Setahun setelahnya, yaitu 2005, Mahyadi kembali dipanggil timnas untuk bergabung membela tanah air dalam gelaran SEA Games Filipina (U-23).
Tahun 2007, dia menjadi salah satu pilar penting Indonesia dalam melakoni laga di Piala AFF dan Asian Cup.
* Final Piala AFF 2004
Mahyadi Panggabean merupakan salah satu pemain penting dalam final Piala Tiger (sekarang AFF) 2004 lalu.
Meski Indonesia hanya menempati posisi runner up, Mahyadi menjadi satu-satunya pencetak gol Indonesia di partai final melawan Singapura di Stadion Gelora Bung Karno.
Waktu itu Timnas Indonesia harus mengakui keunggulan timnas Singapura dua kali pertandingan.
Pada leg di Stadion Utama Gelora Bung Karno, Jakarta, pada 8 Januari 2005 timnas Singapura berhasil menang 1-3.
Gol tim juara turnamen kali itu tercipta melalui gol dari Daniel Bennett (3'), Khairul Amri (39'), dan Agu Casmir (69').
Timnas Indonesia hanya mampu membalas lewat gol dari Pemain PSMS Medan, Mahyadi Panggabean (90').
Pada leg kedua, timnas Indonesia kembali harus kalah 2-1 saat melawan timnas Singapura di Stadion Nasional, Kallang, pada 16 Januari 2021.
Tuan rumah mencetak gol lewat Indra Sahdan (6') dan gol dari titik penalti oleh Agu Casmir (41').