Anak buahnya berusaha membopong dan menyelamatkan komandannya.
Namun, di situasi kala itu, Agus memilih jalannya sendiri.
Ia tetap berada di medan pertempuran hingga akhirnya tertangkap dan ditawan oleh tentara Belanda.
Dia tak sudi membocorkan informasi terkait operasi besar-besaran yang dipimpin Benny Moerdani atasannya.
Meski begitu, pasukan Belanda juga memperlakukan Agus sesuai konvensi Jeneva.
Agus dirawat hingga sembuh tapi kakinya terpaksa diamputasi mengingat luka tembaknya sudah membusuk.
Agus masih hidup dan Irian Barat akhirnya jatuh ke tangan Indonesia.
Dikeluarkan Dari RPKAD
Kabar buruk kemudian menghampiri.
Pada akhir 1964, diadakan sebuah pertemuan perwira RPKAD membahas penghapusan tentara cacat dari RPKAD dan Agus termasuk di dalamnya.
Rekan yang sekaligus juga atasannya, Benny Moerdani, berusaha membelanya.
Akibatnya, mereka berdua sama-sama dikeluarkan.
Namun, Agus kemudian sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa, Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno (Paspampres)
Sedangkan Benny ditarik ke Komando Cadangan Strategis Angkatan darat (Kostrad) di bawah Mayjen TNI Soeharto.
Di kemudian hari keduanya bergabung dengan tim Operasi Khusus pimpinan Ali Moertopo.