Agus masih hidup dan Irian Barat akhirnya jatuh ke tangan Indonesia.
Kabar buruk kemudian menghampiri.
Pada akhir 1964, diadakan sebuah pertemuan perwira RPKAD membahas penghapusan tentara cacat dari RPKAD. Agus termasuk di dalamnya.
Keputusan itu sempat diprotes atasan Agus, Benny Moerdani.
Alih-alih mendapat persetujuan, Benny justru dimutasi ke Kostrad karena dianggap membangkang. Sedangkan Agus tetap dikeluarkan dari RPKAD.
Sekeluarnya dari Kopassus, Agus sempat bergabung dengan Resimen Tjakrabirawa atau Pasukan Pengawal Presiden RI Soekarno.
Dijelaskan dalam buku 'Bagimu Negeri, Jiwa Raga Kami' karya Bob Heryanto Hernoto, Agus kemudian ditarik Benny Moerdani untuk bergabung di unit intelijen Kostrad.
Sejak itulah, Agus melanjutkan karier militernya di dunia intelijen.
Mengutip dari Kompas.com, Agus dan Benny lalu bergabung dengan Operasi khusus (Opsus) yang dipimpin oleh Ali Moertopo.
Keduanya bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soeharto.
Di dalam Opsus, Agus menjadi orang kepercayaan Ali dan Benny.
Bahkan, siapa pun yang ingin bertemu dengan Ali dan Benny harus melalui Agus, sehingga muncul ungkapan
"Agus itu Opsus. Opsus itu Agus".
Di dalam Opsus Agus bertugas menjadi semacam Komandan Detasemen Markas atau Dandenma) yang mengatur segala hal terkait operasi-operasi opsus.
Dia juga terlibat dalam berbagai operasi Opsus di Irian Barat dan Timor Timur.